Pour séparer la taille des heures et des minutes il faut mettre ces éléments dans un conteneur « span » individuel et définir la taille individuellement avec le paramètre « size ».
Pour faire afficher les minutes en hauteur, vous pouvez utiliser le paramètre « rise » avec une échelle de 0 à 10000.

Exemple, ce code donne:
<span size="x-large">%H</span><span size="x-small" rise="8000">%M</span>

Par contre, je n’ai pas trouvé de possibilité de mettre un élement au dessus d’un autre comme les minutes au-dessus de »PM » dans votre exemple.

Voici la liste des paramètres de style qu’il est possible d’utiliser: http://www.pygtk.org/docs/pygtk/pango-markup-language.html